Criada em 2002, pela então governadora Benedita da Silva, a Área de Proteção do Pau Brasil tem uma área de 10.564 hectares.

Esta APA compreende áreas dentro dos municípios de Armação dos Búzios e Cabo Frio, entre a Praia dos Tucuns e o Canal do Itajuru.

A APA estende a sua proteção a uma parte marinha, incluindo o fundo do mar, a lâmina d’água e a superfície, compreendendo as Ilhas Comprida, Redonda, do Papagaio, Dois Irmãos, Capões e Emerências. Além das ilhas, fazem parte da área delimitada pela APAPB as praias de José Gonçalves, das Caravelas, das Conchas, Brava e de Tucuns.

O objetivo da U.C. é proteger os ambientes remanescentes de Mata Atlântica, manguezais, restingas, ilhas, dunas e aspectos geológicos.

O Conselho Gestor da APA do Pau Brasil voltou à ativa, em setembro de 2018, e já tem o seu o Plano de Manejo, porém a pressão das invasões e queimadas na área da APA continuam sem controle.